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Jean Claude Lacassin : Est ce que l’ADNe permet de certifier que les champignons identifiés sont réellement présents dans le sol ? Ou est ce qu’on prend en compte aussi l’ADNe de champignons qui ne sont pas présents au moment de la mesure ?
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Sonia Said : peut-on se fier au metabarcoding pour l’identification de la faune du sol ? idem pour les champignons
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Paul-Olivier REDON : La mesure de richesse fongique par metabarcoding est-elle une méthode normalisée ? et existe-t-il des référentiels nationaux ou régionaux de référence des communautés fongiques ?
Questions posées lors du webinaire Biodiversité Sol Forestier du 25/06/2026
Première réponse de l’audience : “oui l’ Atlas français des champignons du sol publié en 2024 aux éditions BIOTOPE à partir des échantillons du RMQS ET DES analyses et TRAVAUX DE L’INRAE DE DIJON apporte des infos massives et géoréférencés DES donnes sur les communautés fongiques”
L’ADN environnemental (ADNe) ne permet pas, à lui seul, de certifier que les champignons détectés sont vivants ou actifs au moment du prélèvement. Il révèle principalement que de l’ADN de ces organismes est présent dans l’échantillon de sol.
Cet ADN peut provenir de champignons vivants (mycélium, spores, fructifications), mais aussi de cellules mortes ou de fragments d’ADN qui persistent dans le sol pendant une durée variable, allant de quelques jours à plusieurs mois selon les conditions (température, humidité, type de sol, activité microbienne, etc.).
En pratique, les analyses d’ADNe prennent donc en compte l’ensemble de cet ADN. Elles donnent une image de la communauté présente récemment plutôt qu’un inventaire des seuls organismes actuellement actifs. Si l’objectif est d’identifier les champignons vivants ou métaboliquement actifs, il faut compléter avec d’autres approches, par exemple l’analyse de l’ARN environnemental (ARNe), des observations de terrain ou des cultures lorsque cela est possible.